shRNA即短发卡RNA（short hairpin RNA），包含一段紧密发卡环结构，常被用于RNA干扰沉默靶基因的表达。

siRNA是小干扰RNA，是一种双链RNA，3’端含有两个突出的非配对碱基。siRNA可以激活RNA干扰，信使链被移除，向导链引导对靶标RNA的切割和降解。

虽然siRNA和shRNA都可用于蛋白沉默，但它们的作用机制有所不同。

shRNA是siRNA或者miRNA的前体，shRNA在转录后可以从细胞核转移到细胞质，在细胞质中其环结构被Dicer酶切割，释放siRNA。

siRNA的信使链被移除，向导链引导RNA诱导沉默复合体（RISC）对靶标RNA进行切割和降解，实现特定mRNA翻译的抑制。

shRNA的作用方式是利用载体把shRNA导入细胞核内，在某些情况下，载体可以稳定地整合到基因组中，可以被传递到子代细胞中去，从而使基因的沉默可被遗传。

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