在污水验毒的整个采样过程中，自动采样设备具有其自身的优势，它可以自动采集连续样品或一系列样品而不用人工参与，尤其是应用在采集混合样品方面其具有人工无法比NI的优点。适宜的设备类型的选择取决于特定的采样情况，例如，为了评估一个区域的毒PIN使用情况，可以选择使用一个连续流量比例的水样采集设备，利用一个全自动水质采样器系统。

自动采样器可以连续或不连续采样，也可以定时或比例采样。

自动采样设备可以被设定在预定的时间间隔内采样，或者由外部因素引发采样或暂停采样，例如，启恒环保污水验毒采样器可以实现当当地的天气情况为降雨时自动暂停采样工作，当天气状况转好时，自动恢复采样。许多时间间隔采样在一个周期内采集12个样品，通过对时间的设定可以在不同的时间周期内采集12个样品，常见的时间设定可以覆盖一昼夜24小时，也就是每隔2个小时采集一个样品；也可以混合样品，每一个小时或者半个小时采集一次样品，然后每个样品瓶收集2个或4个样品的混合样。

如果采集后的样品需要在采样器中放置一段时间，应确保样品不分解化学成分不发生大的变化。这时可以采用使用采样器的恒温冷藏或者冷冻功能，尤其在污水验毒领域，将恒温箱温度设置零度以下，使采集到的污水样品结冰冷冻以确保水质在采集结束后进行水质分析化验不发生大的结果变化。